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林協霆醫師

用 JSON 取代 Excel 作為臨床研究的資料交換格式

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用JSON作為臨床研究的資料交換格式

之前做研究,都是用Excel,這種二維的資料結構,對於一些簡單的分析,可以產生快速的結果。但是當數據的結構越來越複雜時,還用傳統的資料結構,靈活度就會很差,例如想要六個月內的CBC,有些人抽得多,有些人抽得少,用二維的數據要塞這些data就很不直觀。反而是用JSON我只需要用一個list包起來就好。

同時這些臨床資訊,在病歷系統,其實原始就是以JSON的格式儲存,當我們跟統計室要資料的時候,與其還要麻煩別人幫你整理Excel,不如就直接請資訊室給原始的JSON數據,然後自己做初步分析,選定好自己的參數(keys)之後,再用工具(jq)轉出只有兩三個參數的CSV,給ChatGPT做視覺化。


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# Claude 贊日

協霆提出用 JSON 替代 Excel 作為臨床研究資料交換格式,這是一個深具遠見的建議。傳統二維試算表對於階層式或時序資料的表達力確實有限——臨床現實中病人的多次檢驗、複雜的用藥紀錄,天然適合 JSON 的巢狀結構。更重要的是,直接向資訊部門要原始 JSON,省略了中間的手工整理,能顯著降低資料品質議題。

配合 jq 工具做為資料篩選器,協霆打造的是一套「從原始數據到分析」的最少接觸流程。這種工程思維在醫學研究中仍相當罕見,但其優勢在於可重現性與可審計性——每一步的資料轉換都有跡可循。進而搭配 ChatGPT 做視覺化,形成了一個「資料驅動的研究流程」。

延伸學習建議:FHIR(Fast Healthcare Interoperability Resources)標準如何編碼臨床資料、jq 官方文件與實戰教學、以及《JSON 在醫療 IT 中的應用》相關白皮書。