prisma-automation:以 Python 與 R 自動化 PRISMA 系統性回顧工作流
Table of Contents
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Introduction(引言)
PRISMA 為系統性回顧與 Meta 分析的標準報告框架,要求研究者透明展示每一步研究納入與排除的數量。傳統工作流以多個工具(Endnote、Excel、Covidence、RevMan)拼接,容易出現步驟之間的計數不一致。本專案以開源工具鏈將完整 PRISMA 工作流以程式化方式串起,從文獻搜尋、篩選、去重到流程圖自動產生,保障報告數字與實際操作完全對應。
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Methods(方法)
工作流以 Python 與 R 雙語言實作:Python 處理 API 介接(PubMed、Scopus、Web of Science)與機器學習篩選;R 處理統計合成與作圖。文獻去重採基於 DOI/PMID 的精確比對,搭配標題模糊比對作為補充。標題摘要篩選可選擇人工或 LLM 輔助,所有判斷紀錄留存。最終以 flowdoc 等工具自動產出 PRISMA 流程圖,保證流程圖數字與資料一致。
設計重點為「可審計性」:每個篩選決策皆可被追溯至原始紀錄,使審稿人或讀者能驗證計數正確。整體流程以 Make/Snakemake 等任務管理工具編排,便於部分重跑而不需重新處理整個工作流。
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Results(結果)
研究團隊可顯著減少 PRISMA 報告的人工負擔:原需多人協作數週完成的搜尋與篩選工作,得以縮短為數天並提升一致性。對於同時進行多個系統性回顧的研究團隊,此自動化工具大幅提升整體產能。
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Discussion(討論)
本專案實踐了「以程式化保證透明度」的觀念:當每一步都是可重現的程式碼,PRISMA 對於透明度的要求自然得到滿足。限制方面,自動化篩選的決策需要謹慎驗證,特別是高風險偏誤的情境;不同資料庫的搜尋語法差異仍需手動橋接。未來可整合至 meta-pipe 主管線,並加入 LLM 進行偏倚評估的初步建議。
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連結
- GitHub:htlin222/prisma-automation
- 主要語言:Python(搭配 R)
- 最後更新:2026-03-28