prisma-automation：以 Python 與 R 自動化 PRISMA 系統性回顧工作流

Sat, 28 Mar 2026 00:00:00 +0000

# Introduction（引言）

PRISMA 為系統性回顧與 Meta 分析的標準報告框架，要求研究者透明展示每一步研究納入與排除的數量。傳統工作流以多個工具（Endnote、Excel、Covidence、RevMan）拼接，容易出現步驟之間的計數不一致。本專案以開源工具鏈將完整 PRISMA 工作流以程式化方式串起，從文獻搜尋、篩選、去重到流程圖自動產生，保障報告數字與實際操作完全對應。

# Methods（方法）

工作流以 Python 與 R 雙語言實作：Python 處理 API 介接（PubMed、Scopus、Web of Science）與機器學習篩選；R 處理統計合成與作圖。文獻去重採基於 DOI／PMID 的精確比對，搭配標題模糊比對作為補充。標題摘要篩選可選擇人工或 LLM 輔助，所有判斷紀錄留存。最終以 flowdoc 等工具自動產出 PRISMA 流程圖，保證流程圖數字與資料一致。

設計重點為「可審計性」：每個篩選決策皆可被追溯至原始紀錄，使審稿人或讀者能驗證計數正確。整體流程以 Make／Snakemake 等任務管理工具編排，便於部分重跑而不需重新處理整個工作流。

# Results（結果）

研究團隊可顯著減少 PRISMA 報告的人工負擔：原需多人協作數週完成的搜尋與篩選工作，得以縮短為數天並提升一致性。對於同時進行多個系統性回顧的研究團隊，此自動化工具大幅提升整體產能。

# Discussion（討論）

本專案實踐了「以程式化保證透明度」的觀念：當每一步都是可重現的程式碼，PRISMA 對於透明度的要求自然得到滿足。限制方面，自動化篩選的決策需要謹慎驗證，特別是高風險偏誤的情境；不同資料庫的搜尋語法差異仍需手動橋接。未來可整合至 meta-pipe 主管線，並加入 LLM 進行偏倚評估的初步建議。

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